FAT 16 (File allocation Table 16 บิต)
FAT 16 เป็นชื่อเรียกระบบการัดการไฟล์ดั้งเดิมที่ใช้ตั้งแต่ระบบปฎิบัติการ DOS มาจนถึง Windows 95 ถึงแม้ข้อดีของระบบปฎิบัติการที่ใช้ FAT 16 จะสามารถทำงานกับโปรแกรมยุคเก่าได้ แต่เมื่อวันเวลาผ่านไป FAT16 เริ่มมีข้อจำกัดหลายด้าน ปัญหาหลักของ FAT16 คือไม่สามารถทำงานกับฮาร์ดิสก์ที่มีพท้นที่มาก กว่า2 GB ได้ นอกจากเราจะสั่งแบ่งพื้นที่ฮาร์ดิสก์เป็นไดร์ฟย่อย นอกจา่กนั้นหน่วยเก็บข้อมูลหรือ Cluster เล็กที่สุดที่ FAT 16 ใช้ได้คือ 32 KB ทำให้การจัดเก็บข้อมูลบางครั้งใช้พื้นที่มากกว่าที่จำเป็น

Cluster คือ พื้นที่ที่มช้ในการเก็บข้อมูล ภายในฮาร์ดิสก์ ซึ่งแบ่งย่อยลงมาจาก Sector โดยไฟล์ข้อมูล 1 ไฟล์จะเก็บใน 1 Cluseter

ระบบFAT32 (File Allocation Table 32 บิต )
FAT32 เป็นระบบจัดการไฟล์ข้อมูลใหม่ใน Windows me/98 รวมทั้งสมารถใช้กับ windows xp ด้วย ถูกพัฒนามาใช้แทนระบบเดิมซึ่งมีชื่อเรียกว่า FAT16 โดย FAT32 ทำให้ windows me/98 สามารถจัดการเนื้อที่ให้มากกว่า2 GB

เมื่อได้มีการทดสอบการใข้งานระหว่างระบบจัดการไฟล์ข้อมูลแบบ FAT16 และ FAT32 โดยเฉลี่ยพบว่า เมื่อผู้ใช้แปลงข้อมูลในฮาร์ดิสก์ของตนจากระบบ FAT 16 เป็นระบบFAT32 ทำให้มีเนื้อที่ในฮาร์ดิสก มากขึ้นถึง 28 %

NTFS(New Technology File system)
เป็นระบบการจัดเก็บไฟล์ที่ถูกออกแบบขึ้นมาสำหรับใช้กับ Windows NT 4.0/2000 และระบบปฎิบัติการล่าสุดอย่าง Windows XP ซึ่ง NTFS เป็นระบบไฟล์ที่มีโครงสร้างการจัดเก็บที่สนับสนุนฮาร์ดิสก์ขนาดใหญ่ อย่างเครื่องเซิร์ฟเวอร์ที่ใช้ ระบบปฎิับัติการ windows NT 4.0 ยังเป็นระบบที่มีความปลอดภัยสูง